西醫(yī)西藥對非淋菌性尿道炎的初發(fā)階段及未出現(xiàn)耐藥菌株的情況下的治療還是有一定療效的，但隨著耐藥菌株的出現(xiàn)，及對于部分尿道炎癥狀持續(xù)不退，或并發(fā)前列腺炎，附睪炎，宮頸炎等合并癥的患者，療效則不甚滿意。

有些不負責任的醫(yī)院采用增加藥量及很多種西藥聯(lián)合使用，超時限用藥，毒副作用太大，肝臟、腎臟的負擔過大，使肝、腎功能下降，人體免疫力也隨之下降，人體免疫力下降又使病情加重或有并發(fā)感染，形成惡性循環(huán)，久治不愈，或越治越重。

反復大量使用廣譜抗生素導致體內菌群失調，免疫力下降，使原本不致病的病原體，真菌，微生物大量繁殖，成為誘發(fā)新的感染或加重原有感染的根源。如非淋患者大量使用抗生素后誘發(fā)霉菌性陰道炎或霉菌性龜頭炎等。

臨床上，治療非淋菌性尿道炎，對于發(fā)病初期，尿道分泌物較多，尿急，尿痛等癥狀較明顯的，在服用或注射敏感抗生素(先做藥敏試驗，以便準確用藥)的同時，可輔以大復方中藥內服，可以縮短治療時間，提高治療效果，以期徹底治愈。對于慢性非淋菌性尿道炎患者(病程3周以上)及尿道炎癥狀持續(xù)不退，查菌陰性或并發(fā)前列腺炎，附睪炎，輸精管炎，宮頸炎，宮頸糜爛，子宮內膜炎等并發(fā)癥的患者，西藥治療難以收效時，可用大復方中藥輔助治療，適當延長療程，以求達到康復的目的。